Ett halvt sekel av intensiv utställningsverksamhet har lämnat spår i museets konstsamlingar som idag omfattar drygt 6000 verk och till största delen består av 1900- och 2000-tals konst. Årligen förvärvas konstverk från museets pågående utställningar som tillsammans med inköp direkt av konstnärerna uppfyller donatorn Amos Andersons uttryckliga önskan: nämligen att understöda nu levande konstnärer och finländskt konstliv. Under de senaste åren har införskaffats verk av monumental storlek, t.ex. Stiina Saaristos The Last Man Standing. Denna väldiga teckning som mäter 246 x 450 cm föreställer en episod ur det finska mytologiska eposet Kalevala är konstnärens tour de force, helt och hållet utförd med blyertspenna. Saaristo brukar avbilda sig själv – groteskt – som här i den fruktansvärda matriarken Louhis skepnad. En annan konstnär som gärna projicerar sina somatiska drag är Pauliina Turakka Purhonen. Man känner igen henne i den androgyna Smärtomannen (2007), som emellanåt varit utställd i museets kapell och gjort sällskap åt den religiösa konsten från renässans och barock. Med sin omskakande genustolkning kompletterar Turakka Purhonen traditionen från den kristliga ikonografin. Genusambivalens av en annan art hittar man i museets många verk av Viggo Wallenskiöld, t.ex. Vår lärare (2002).
Inte sällan anskaffas verk av unga konstnärer som är på väg att slå igenom. Museet köpte 2009 Hans Rosenströms första version av Mikado, som är en narrativ ljudinstallation baserad på Ingmar Bergmans 1970-tals film Viskningar och rop. Ljudinstallationen är gjord för att upplevas av bara en person åt gången, men framkallar en gastkramande illusion av en osynlig människas närvaro. Ett annat exempel är Elina Merenmies som sedan millenniumskiftet är en återkommande favorit bland museets nyförvärv. Hennes expressiva målningar och tuschteckningar har träffande beskrivits vara en blandning av hemskt och komiskt.
Trots ett samlingspolitiskt fokus på finländsk konst har museet alltid haft ett gott öga till de nordiska grannländerna, och efter en utställning med svensk nutidskonst stod det klart att samlingen skulle utökas med Roland Perssons dystopiska The Last Horse on Earth i naturlig storlek, stöpt i silikon efter en död häst.
Vill man få en inblick i hur museets konstsamlingar uppstått är det skäl att börja från början. Donatorn Amos Andersons privata konstsamling omfattande flera hundra målningar, grafik och skulptur utgjorde kärnan när museet 1965 inledde sin verksamhet. Närmast Andersons hjärta stod sakral konst från medeltid, renässans och barock och i hans hem pryddes väggarna av italienska, spanska och flamländska målningar utförda av mindre kända gamla mästare. Men största delen av hans samling bestod likväl av finländsk 1900-tals konst av traditionell art. Anderson föredrog motiv som för honom hade en självbiografisk anknytning, t.ex. orter där han vistats eller kyrkor vars restaureringar han finansierat. Bland konstnärsnamnen i Andersons privata samling hittar man flera av hans personliga bekanta. Han understödde bland annat Felix Nylund, skulptören vars bronsgrupp Tre smeder mitt i hjärtat av Helsingfors hör till stadens mest omtyckta offentliga monument. Museet äger en ansenlig samling av Nylunds gipser (även många studier för Tre smeder) som också teckningar. Likt många skulptörer var Nylund nämligen en skicklig tecknare och museet äger drygt hundra självporträtt – nedtecknade i alla tänkbara situationer.
Amos Anderson växte upp i den svenskspråkiga skärgården och museet som bär hans namn har haft en viktig kulturbärande roll för Finlands svenspråkiga minoritet. Samlingen innehåller faktiskt många svenskspråkiga: allt från bildmakare till avporträtterade kulturpersoner. Tove Jansson som skapat serierna och sagoböckerna om Muminfamiljen är internationellt den bäst kända finlandssvenska författaren. I Sam Vannis kärleksfulla porträtt av Tove Jansson (1940) möter vi henne som ung konststuderande. Den något yngre Åke Mattas vars I taxin (1962) är den alkoholiserade konstnärens sista självbiografiska verk, och en skildring av fyllosällskapets kranka blekhet och existentiella ångest.
Amos Andersons konstmuseum fungerade på 1970-talet som en plattform för avantgardistiska och experimentella strömningar och bidrog till att göra den oliktänkande konstnärsgruppen Skördemännen känd även utöver landets gränser. Gruppens medlemmar tog ofta till fotografiet som redskap för sina experiment i konceptkonst och kollageteknik, likt J.O. Mallander som kallade sina postkortscollage för pappersskulptur. Olli Lyytikäinen har gått till Skördemännens historia som en virtuos hanterare av mer traditionella tekniker – akvarell och teckning– och som nyskapare av underfundiga motiv i ett anspråkslöst format. En blandning av surrealism och dråplig feminism finns i målningarna som museet anskaffade på 1980-talet: målade av multitalangen Cris af Enehielm, även känd som skådespelare, regissör och performansartist. Väl företrädda i samlingarna, med verk från flera olika decennier fram till idag, är de oförtrutet nyskapande Carolus Enckell och Paul Osipow som debuterat redan på 1960-talet.
Med åren har konstsamlingarna vuxit ansenligt tack vare betydande donationer och depositioner. Museets kanske mest värdefulla verk hittar man i Sigurd Frosterus postimpressionistiska samling som sedan 1994 varit permanent utställd. Arkitekten och konstkritikern Frosterus var en förespråkare för postimpressionismen och de rena regnbågsfärgerna. Samlingens pärla är Paul Signacs pointillistiska vy över floden Seine, invid ön Grenelle där en mindre version av den amerikanska Frihetsgudinnan står. Målningen ter sig som en ikonisk bild av Paris vid förra sekelskiftet, med sitt nyuppförda Eiffeltorn och sina fabriksskorstenar som spyr ut svart rök över horisonten. Belgaren A.W. Finch målade sin japonisminspirerade Breaking Waves at Heyst några år innan han flyttade till Finland, där han förblev fram till sin död.
Dokumentering och forskning utgör en viktig del av samlingsarbetet och museets innehållsproducerande verksamhet. För tillfället pågår i museet en undersökning av Birger Carlstedts målningar som museet fått i testamentdonation. Den carlstedtska samlingen omfattar drygt 500 verk plus konstnärens arkiv. Carlstedt är känd för sitt abstrakta måleri och metodiska undersökningar av färgernas inbördes relationer – i en strävan att finna paralleller till musikaliska harmonier. År 1929 planerade han interiörerna till sin mors café och restaurang Chat Doré – ett exotiskt allkonstverk vilket gett honom renommé som Finlands första modernist. Chat Dorés historia blev dessvärre kortvarig, men skisserna finns bevarade i testamentdonationen.
Speciellt i början av museets verksamhet, dvs. i slutet av 1960-talet och på 1970-talet, ansågs det viktigt att utöka samlingarna och anslagen var då också högre än vad de är i dag. Museet har aldrig strävat efter att ge en heltäckande bild av utvecklingen eller de viktigaste strömningarna i bildkonst utan har koncentrerat sig på vissa konstnärer som är väl representerade i samlingarna. I sista hand är det museinämnden som fattar besluten om inköpen, men i praktiken har museicheferna och deras konstsmak och preferenser spelat en väldigt stor roll.